在过去的十年中，染色质免疫共沉淀测序技术(ChIP-seq)，一直是分析表观基因组和鉴定DNA相关蛋白重要结合位点的主要技术，其能够真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白的调控信息。然而，ChIP-seq仍存在一些技术难点，在染色质制备和免疫沉淀两个关键步骤上，常常会造成样本丢失，导致ChIP-seq需要至少10,000个或数百万个细胞才能启动。

　　12月10日Nature Cell Biology期刊资讯，来自日本九州大学、东京工业大学、早稻田大学、东京大学和大阪大学的联合研究团队，开发出一种名为“染色质整合标记测序”(ChIL-seq)的新型表观基因组学分析方法，通过将免疫染色替代上述两个步骤，极大克服了样品丢失的问题。该方法无需免疫沉淀，可以利用极少量的细胞来分析DNA与蛋白质间的相互作用，为科学家研究稀有类型细胞及其他短缺的细胞样本提供新的机会。

ChIL实验流程

　　在一系列评估实验中，研究人员成功证明，ChIL-seq技术仅使用100~1000个细胞就可以精确检测组蛋白修饰和DNA结合因子。利用ChIL-seq，研究团队还在单细胞水平上检测到与组蛋白标记相关的基因组区域，这也将有助于推动单细胞图谱的构建。此外，ChIL-seq技术还可以在细胞裂解前“放大”靶分子附近的基因组序列，这对于研究贴壁细胞等具有一定优势。这一新型技术可以捕获以前未检测到的表观基因组信息，揭示更多全新的生物标志物，进而推动精准医疗的进步。

ChIL反应示意模型

　　每种方法都具有其优势和局限性，ChIL-seq当然也不例外。ChIL-seq目前对异染色质区域的敏感性较低，并且可能耗时3~4天时间才能完成整个过程。但总的来说，凭借其精确性，ChIL-seq非常适用于单细胞领域的应用，其灵活性也意味着未来它可以与其他强大的测序技术相结合，发挥更大的作用。